O Nepso faz parte do programa Ação na Escola, da Ação Educativa, que tem como objetivo promover a participação de diretores, coordenadores pedagógicos, estudantes, pais e, especialmente, professores no desenvolvimento de projetos pedagógicos, na discussão e na proposição de políticas que contribuam com a qualidade da educação oferecida nas redes públicas de ensino.

Esta parceria, que vem desde a concepção da metodologia, em 2000, é primordial, pois além de co-autores da metodologia também são responsáveis pela coordenação geral do programa.

Em 2011, o polo SP - coordenado por Thais Bernardes - iniciou a oferta, para docentes de escolas públicas, do curso de extensão "Escolas, comunidades e aprendizado com pesquisa de opinião: Educação como desenvolvimento local", em parceria com a Faculdade de Educação da Universidade de São Paulo, e em 2012, em parceria com a Escola de Artes, Ciências e Humanidades da USP.